科室设置
医院设有风湿科、肾病科、肿瘤科、脾胃病科、脑病科、心血管内科、内分泌科、呼吸内科、中医内科、感染性疾病、肝病科、外一科（普外科）、外二科（胸外乳腺科）、神经外科、肝外科、肛肠一科、肛肠二科、骨一科、骨二科、骨三科、泌尿外科、妇科、产科、儿科、口腔科、眼科、耳鼻喉科、老年病科、中医男科、针灸康复科、推拿理疗科、中医特色诊疗部、中外皮肤科、美容科、急诊科、重症医学科、治未病中心、营养科、医学影像科、超声科、心电图科、病理科、内镜室、消毒供应室、血透室、手术麻醉室、输血科、体检部等临床科室和医技科室。
特色专科
一、国家级重点专科建设单位：中国肝胆病学科。
二、国家临床中医重点专科：肝病科。
三、国家中医药管理局重点专科：儿科、肝病科、肛肠科、骨伤科（建设单位）、慢性胃炎、风湿病科（建设单位）。
四、福建省中医重点专科：糖尿病、脾胃科、中西医结合儿科、中医痔疮专科、中西医结合骨关节病、中西医结合胆胰专科。
五、厦门市重点专科：脾胃科、风湿病科、骨伤科。
医疗优势
一、优势病种：各种良恶性肝肿瘤、肝脓肿、肝囊肿、各型病毒性肝炎、肝硬化、肝衰竭、脂肪肝、慢性胃炎、消化性溃疡、食管炎、肠易激综合征、胆囊炎、炎症性肠病、便秘、肛周坏死性筋膜炎、克罗恩肛周病、类风湿关节炎、强直性脊柱炎、痛风、风湿性关节炎、肩周炎、风湿性腰痛、足底筋膜炎、跟腱痛、肱骨外上髁炎、股骨头缺血性坏死、膝关节骨性关节炎、糖尿病。
二、优势技术：肝囊肿开窗引流、胆总管切开取石、扩大的胰十二指肠切除术、全胰切除术、肝胰十二指肠切除术、腹水浓缩回输术、人工肝血浆置换术、肝脏移植。
